การตรวจสอบส่วนสูญเสียตามมาตรา 36 เป็นกระบวนการของ สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (BOI) เพื่อควบคุมวัตถุดิบที่นำเข้ามาโดยได้รับยกเว้นอากร 

โดยผู้ได้รับส่งเสริมฯ ต้องแจ้งส่วนสูญเสียและเศษซากที่เกิดขึ้น และดำเนินการทำลายหรือจำหน่ายตามวิธีที่ BOI กำหนด พร้อมนำหลักฐานการทำลายหรือจำหน่ายมายื่นเพื่อตัดบัญชีวัตถุดิบที่ได้รับยกเว้นภาษี  ส่วนสูญเสีย หมายถึง วัตถุดิบก่อนที่จะใช้หรือที่เหลือจากการผลิต ที่มีตำหนิ ที่มีคุณภาพไม่ได้มาตรฐาน หรือที่ไม่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ตามวัตถุประสงค์เดิมได้
เศษวัตถุดิบหรือของที่เกิดขึ้นในขบวนการผลิต
ผลิตภัณฑ์หรือชิ้นส่วนของผลิตภัณฑ์ หรือของที่ผลิตจากวัตถุดิบดังกล่าว ที่มีตำหนิ ที่มีคุณภาพไม่ได้มาตรฐาน หรือที่ไม่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ตามวัตถุประสงค์เดิมได้
เศษซาก หมายถึง ส่วนสูญเสียที่ถูกทำลายจนไม่อยู่ในสภาพเดิม
ประเภทของส่วนสูญเสีย
      ส่วนสูญเสีย แบ่งออกเป็น 2 ประเภท คือ
ส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต
      หมายถึง เศษวัตถุดิบที่เกิดขึ้นในการผลิตสินค้าในอัตราที่แน่นอน จึงอนุญาตให้รวมอยู่ในสูตรการผลิตได้ เช่น เศษโลหะที่เกิดขึ้นจากขั้นตอนการปั๊มขึ้นรูปแผ่นโลหะ เป็นต้น
      ส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต จะอนุมัติเฉพาะวัตถุดิบที่นำเข้าโดยมีหน่วยนับเป็น “น้ำหนัก” “ปริมาตร” หรือ “พื้นที่” เท่านั้น
      แต่ทั้งนี้ เศษวัตถุดิบที่สามารถนำไป Recycle เพื่อนำกลับมาใช้ใหม่ได้ เช่น เศษพลาสติก จะไม่อนุญาตให้นำมารวมคำนวณเป็นส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต
      ส่วนสูญเสียในสูตรการผลิตจะได้รับการตัดบัญชี เมื่อมีการตัดบัญชีผลิตภัณฑ์จากการส่งออก ดังนั้น จึงไม่ต้องนำมาขอตัดบัญชีอีก
      ส่วนสูญเสียในสูตรมีมูลค่าเชิงพาณิชย์ จะต้องขอชำระภาษีอากรตามส่วนสูญเสียนั้นๆ ก่อน จึงจะจำหน่ายในประเทศได้

ส่วนสูญเสียนอกสูตรการผลิต
      หมายถึง เศษวัตถุดิบที่ไม่สามารถคำนวณล่วงหน้าได้แน่นอนว่าจะเกิดขึ้นในอัตรามากน้อยเพียงใด จึงไม่อนุญาตให้รวมอยู่ในสูตรการผลิต และจะต้องทำการพิสูจน์ชนิดและปริมาณให้เสร็จสิ้นก่อน แล้วจึงจะอนุญาตให้ตัดบัญชี (ปรับยอด) ในภายหลังได้
      ส่วนสูญเสียนอกสูตรการผลิต มีดังนี้ วัตถุดิบก่อนการผลิตหรือที่เหลือจากการผลิต ซึ่งมีคุณภาพไม่ได้มาตรฐาน หรือไม่สามารถนำไปใช้ตามวัตถุประสงค์เดิมได้
สินค้าที่อยู่ระหว่างการผลิต หรือผลิตเสร็จแล้ว แต่ตรวจสอบพบว่ามีคุณภาพหรือมาตรฐานที่ไม่สามารถนำไปใช้ประโยชน์ตามวัตถุประสงค์เดิมได้ เป็นต้น
เศษวัตถุดิบหรือของที่เกิดขึ้นในขบวนการผลิต ซึ่งไม่ได้รวมอยู่ในส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต
ตัวอย่างส่วนสูญเสียนอก / ในสูตรการผลิต

A : เป็นสินค้าที่ผลิตโดยการปั๊มขึ้นรูปแผ่นโลหะ มีจำนวน 10 ชิ้น (รวมชิ้นที่เป็น NG) น้ำหนักชิ้นละ 500 กรัม รวมเป็น 5,000 กรัม
B : คือ ส่วนที่เหลือจากการปั๊มขึ้นรูปแผ่นโลหะ ซึ่งมีปริมาณที่แน่นอนสามารถคำนวณล่วงหน้าได้อย่างถูกต้อง จัดเป็นส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต มีน้ำหนัก 2,000 กรัม
C : เป็นเศษตัดขอบ หรือเป็นส่วนหัว/ท้ายของม้วนโลหะ มีปริมาณที่ไม่แน่นอน จัดเป็นส่วนสูญเสียนอกสูตรการผลิต
NG : คือ สินค้าที่ผลิตขึ้นแล้วมีตำหนิ มีปริมาณไม่แน่นอน จัดเป็นส่วนสูญเสียนอกสูตรการผลิตสูตรการผลิตของ Model นี้ คือ
= น้ำหนักสินค้า + น้ำหนักส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต/จำนวนสินค้า
=(5,000+2,000) / 10
=700 กรัม / ชิ้น
การตัดบัญชีส่วนสูญเสีย และชำระภาษีอากรส่วนสูญเสียและเศษซาก
ส่วนสูญเสียในสูตรการผลิต ไม่ต้องนำมายื่นขอตัดบัญชี เนื่องจากได้รับตัดบัญชีในสูตรการผลิตเมื่อมีการส่งผลิตภัณฑ์ไปต่างประเทศแล้ว
สามารถกำจัดได้ตามข้อกำหนดของกฎหมายที่เกี่ยวข้อง โดยไม่ต้องขออนุมัติจาก BOI
กรณีส่วนสูญเสียในสูตรมีมูลค่าเชิงพาณิชย์ และประสงค์จะโอนหรือจำหน่ายภายในประเทศ ยื่นเรื่องต่อ BOI เพื่อขอให้มีหนังสือแจ้งเก็บภาษีไปยังกรมศุลกากร
กรมศุลกากรอาจขอตรวจสอบชนิดและปริมาณส่วนสูญเสียดังกล่าวได้
การชำระภาษีอากร จะใช้พิกัดศุลกากรในปัจจุบัน ตามสภาพส่วนสูญเสียนั้นๆ
จะต้องชำระภาษีให้เสร็จสิ้นก่อน จึงจะจำหน่ายได้
ไม่ต้องขอทำลาย เนื่องจากมีสภาพเป็นเศษวัตถุดิบที่เกิดขึ้นในกระบวนการผลิต
กรณีส่วนสูญเสียในสูตรมีมูลค่าเชิงพาณิชย์ และประสงค์จะส่งออกไปต่างประเทศ ยื่นเรื่องต่อ BOI เพื่อขออนุญาตส่งส่วนสูญเสียในสูตรไปต่างประเทศ
สามารถจำหน่ายไปต่างประเทศโดยไม่มีภาระภาษี
ไม่ต้องนำใบขนขาออกมายื่นขอตัดบัญชีอีก เนื่องจากได้รับตัดบัญชีในสูตรการผลิตเมื่อมีการส่งผลิตภัณฑ์ไปต่างประเทศแล้ว
ส่วนสูญเสียนอกสูตรการผลิต จัดทำบัญชีรายการส่วนสูญเสีย ประกอบด้วย ชนิด ปริมาณ หรือน้ำหนัก มูลค่า และสาเหตุของการสูญเสีย
จัดเก็บส่วนสูญเสียอย่างมีระบบ เพื่อให้สามารถตรวจสอบได้
สามารถตัดบัญชีโดยไม่มีภาระภาษี ตามวิธีการดังนี้ กรณีทำลาย ยื่นขออนุมัติวิธีการทำลาย และวิธีกำจัดเศษซากหลังทำลายที่เหมาะสมไม่ก่อให้เกิดปัญหาสิ่งแวดล้อม เช่น ฝังกลบ หรือจ้างให้ผู้ประกอบการรับไปกำจัดต่อ เป็นต้น
    ทั้งนี้ การทำลายส่วนสูญเสียชนิดเดิมในครั้งต่อๆไป ด้วยวิธีเดิมที่ได้รับอนุมัติไว้แล้ว ไม่ต้องขออนุมัติวิธีการทำลายอีก
ติดต่อบริษัท Inspector ที่ได้รับมอบหมายจาก BOI ให้ตรวจสอบชนิดและปริมาณของส่วนสูญเสีย และดำเนินการควบคุมการทำลาย และการกำจัดเศษซาก ให้เป็นไปตามที่ BOI อนุมัติ
กรณีที่เศษซากหลังการทำลายมีมูลค่าเชิงพาณิชย์ และบริษัทประสงค์จะขอจำหน่ายหรือโอนเศษซากดังกล่าวภายในประเทศ จะต้องดำเนินการดังนี้ ขอให้ BOI มีหนังสือแจ้งเก็บภาษีไปยังกรมศุลกากร
กรมศุลกากรอาจขอตรวจสอบชนิดและปริมาณเศษซากดังกล่าวได้
การชำระภาษีอากร จะใช้พิกัดศุลกากรในปัจจุบัน ตามสภาพเศษซากนั้นๆ
จะต้องชำระภาษีให้เสร็จสิ้นก่อน จึงจะจำหน่ายเศษซากนั้นได้
จัดส่งรายละเอียด พร้อมทั้งหนังสือรับรองจากบริษัท Inspector และหลักฐานการชำระภาษี (กรณีที่มีมูลค่าเชิงพาณิชย์) ให้กับ BOI เพื่อขอตัดบัญชี
กรณีส่งออก จะต้องยื่นขออนุญาตจาก BOI ก่อนการส่งออก
จัดส่งหลักฐานการส่งออกให้กับ BOI เพื่อขอตัดบัญชี
กรณีบริจาค ยื่นแบบคำร้องขอบริจาคต่อ BOI
จะต้องบริจาคให้ส่วนราชการ องค์การของรัฐบาล หรือองค์การสาธารณกุศล ที่ BOI เห็นชอบ
ต้องเป็นส่วนสูญเสียที่สามารถใช้ประโยชน์ได้ตามลักษณะกิจกรรมของผู้รับบริจาค
การบริจาคต้องอยู่ภายใต้การควบคุมของ BOI หรือบริษัท Inspector ที่ได้รับมอบหมาย
ผู้รับบริจาคต้องออกหนังสือการรับบริจาคไว้เป็นหลักฐาน โดยระบุส่วนสูญเสียที่รับบริจาคให้ชัดเจน
จัดส่งหลักฐานต่างๆ ให้กับ BOI เพื่อขอตัดบัญชี
กรณีที่ไม่สามารถดำเนินการตามวิธีข้างต้น ให้ดำเนินการชำระภาษี ดังนี้ ยื่นเรื่องต่อ BOI เพื่อให้มีหนังสือแจ้งเก็บภาษีไปยังกรมศุลกากร ในลักษณะของการชำระภาษีอากรวัตถุดิบ
จะต้องชำระภาษีอากรตามพิกัดกรมศุลกากร ตามสภาพและราคาของ “วัตถุดิบ” ที่เป็นอยู่ ณ วันนำเข้า
จัดส่งเอกสาร และหลักฐานการชำระภาษี ให้กับ BOI เพื่อขอตัดบัญชี